Произведения из коллекции МНИ можно увидеть в Малом зале в рамках долгосрочных тематических выставок.
Термин «конформизм» (от латинского conformis – подобный, сообразный) обозначает приспособленчество, пассивное принятие существующего порядка вещей. Прибавление отрицательной приставки «non» дает смысл отказа следовать господствующему мнению, отстаивания собственного взгляда на мир – явления извечного в человеческом обществе. Изначально термин появился в XVII в. в Англии, где его применяли к протестантам. В конце 1960-х термин «нонконформизм» уже применялся иностранцами к художественному подполью в СССР. В 1980-е художники ТЭИИ стали использовать его как название своего движения. 
Термин «нонконформизм» имеет, прежде всего, моральное и политическое значение. По отношению к искусству советской эпохи он применялся к независимым художникам самых разнообразных художественных взглядов, не попадавших в моноязык «социалистического реализма». Соответственно, в коллекции музея и его выставочной политике представлен самый широкий спектр художественных явлений отечественного искусства конца ХХ века. В конце восьмидесятых и в девяностые годы, с крушением тоталитарной идеологии, вроде бы должен был исчезнуть и сам термин «нонконформизм». Но парадоксальным образом борьба художников-нонконформистов за свободу самовыражения расчистила дорогу художественной коммерции, ставшей еще более серьезной опасностью для свободы искусства, чем былой советский официоз. Сейчас вновь возможно говорить о нонконформизме или «постнонконформизме» последнего десятилетия ХХ – начала ХХI века, пытающемся противостоять новой идеологии стяжательства. 
Музей обладает коллекцией шедевров независимого искусства 1950–80-х годов таких групп и движений, как «стерлиговцы», «сидлинцы», «Орден нищенствующих живописцев», «Летопись», «Алипий», «Пятая четверть», «Новые художники», «Митьки» и др. Параллельно с выставочной деятельностью идет работа по собиранию произведений послеперестроечной эпохи и начала второго тысячелетия. Так, к музею примыкает Музей Мышеловки члена группы «Новые тупые» Козина. В собрание также входят работы молодых художников, многие из которых дебютировали на биеннале «Новые Имена».
Одно из самых удивительных движений независимого петербургского искусства представляют «стерлиговцы» – ученики В. Стерлигова (Г. Зубков, М. Церуш, Л. Астрейн, А. Кожин, А. Носов, В. Соловьева, С. Цвиркунова, О. Моисеева и др.) – прямые наследники традиций формальных и духовных поисков классического русского авангарда Матюшина, Малевича, Филонова. В этом же направлении развивался художественный язык художников А. Бихтера, С. Комаровой, А. Малтобарова, Н. Сычева. 
«Орден нищенствующих живописцев», объединивший в 1950-е годы дружеский круг молодых художников, изгнанных из стен Академии художеств «за авангардизм» (А. Арефьев, Р. Васми, В. Шагин, Ш. Шварц, В. Громов и др.), развивал «почвенную» ленинградскую экспрессионистическую живопись. В последующем пластические новации этого направления преломлялись в живописи «Новых художников» и «Митьков» (В. Шинкарев, Д. Шагин, А. Флоренский, А. Кузнецов, Виктор и Владимир Тихомировы и др.) и продолжают находить новых последователей (Л. Голубева). 
Экспрессионизм в разнообразных стилистиках развивался художниками школы Сидлина: А. Басиным, И. Ивановым, Ю. Нашивочниковым и многими другими живописцами. С конца 1950-х годов, параллельно с аналогичным явлением на Западе, в Ленинграде развивается абстрактный экспрессионизм. Многие художники этого стиля вышли из мастерской театрального художника и режиссера Н. Акимова (Е. Михнов-Войтенко, Ю. Дышленко и др.). В абстракции работали также Л. Мастеркова, Л. Болмат. Коллекция музея позволяет увидеть, какие формы принимал абстракционизм в семидесятые годы (москвич А. Жигалов), восьмидесятые (группа «Пятая четверть» – С. Ковальский, Е. Орлов, В. Андреев, А. Дмитриев, В. Шмагин, И. Орлов, В. Брылин, Ю. Гуров, А. Вермишев, В. Видерман), девяностые годы (насыщенные по цвету, намеренно фактурные до декоративности полуабстракции Н. Сажина, В. Побоженского, Ф. Волосенкова, Б. Бака).
Семидесятые – начало восьмидесятых годов – времена, когда в ответ на «завинчивание гаек» художники самых разнообразных направлений современного искусства стали объединяться и открыто вступать в борьбу за свободу самовыражения. Тогда в борьбе за свободу творчества объединялись художники самых различных направлений современного искусства. Здесь можно выделить замечательные работы таких разных живописцев, как В. Вальран, Н. Батищева, Н. Абалакова, Л. Никитина, Ю. Козлов, Ю. Галецкий, А. Гуревич, Ю. Рыбаков, А. Раппопорт, С. Сигей и др. 
В восьмидесятые годы в мировом искусстве на сцену выходят такие неоэкспрессионистические явления, как граффитизм, «новая дикость», «новая фигуративность». В коллекции музея эти направления представляет группа «Новые художники» – Т. Новиков, О. Котельников, И. Сотников, Вад. Овчинников, В. Гуцевич, С. Бугаев (Африка), Е. Юфит, а также входившие в нее «Новые дикие» О. Зайка и О. Маслов. К неоэкспрессионистическому направлению можно отнести и таких своеобразных художников, как О. Макса, М. Каверзина, М. Колдобская, Б. Бадалов.
На рубеже 1980–90-х годов, благодаря усилиям Т. Новикова, в Петербурге возникает движение «неоакадемизм», создавшее свой музей на Пушкинской, 10. Представители «неоакадемизма» – О. Маслов и В. Кузнецов, Д. Егельский, Е. Остров, Г. Гурьянов, А. Медведев, С. Макаров, О. Тобрелутс и др. – также заняли достойное место в коллекции МНИ.
Коллекция музея насчитывает более 3000 единиц хранения. В ней находятся картины художников, имена которых представлены в лучших мировых и отечественных музейных собраниях, включая Государственный Русский музей, Третьяковскую галерею и Государственный Эрмитаж, а также the Norton and Nancy Dodge Collection, the Jane Voorhees Zimmerli Art Museum(Rutgers), the State University of New Jersey (USA). 
По статье Андрея Хлобыстина из каталога Музея нонконформистского искусства (Музей нонконформистского искусства: каталог коллекции 1998-2009 – СПб: Сборка, 2009 – 264 С.)